Merhabalar;
Bu yazımda sizlerle içinde bulunduğum staj programında yapacağım "Meriç Projesi" adlı kişisel projemin içeriğinden, proje için yapmayı planladığım şeylerin bir kısmından ve projem ile ilgili kafamda tam olarak oturtamamış olduğum noktalardan bahsedeceğim. Umarım severek okursunuz ve takıldığım noktalarda da bana yardımcı olmaya çalışırsınız.
Nedir bu "Meriç Projesi"?
"Meriç Projesi" rekombinant DNA teknolojisi için kullanılabilecek ve bu yöntemi deney ortamından bilgisayar ortamına taşıyacak bir proje olacak aslında. Peki bu durum bize ne kazandıracak? Bu proje ile rekombinant DNA teknolojisi kullanılarak yapılan gen klonlama deneyleri öncesinde hangi restriksiyon enzimleri ile hangi klonlama vektörlerini kullanmanın daha avantajlı olacağı ve deney sonucunda elde edilecek klon genin haritası hakkında bilgi sahibi olunabilecek. Bu durum bize zamandan, kullanılacak uygun restriksiyon enzim miktarından ve paradan tasarruf sağlayacak. Bu yöntem kullanılarak yapılan deneylerde klonlanacak olan DNA dizisi için hangi restriksiyon enzimlerinin bu diziyi keseceği ve hangi restriksiyon enzimin kullanılmasının daha avantajlı olacağı sorusunun cevabını bulmak için büyük bir araştırma yapmak gerekmektedir. Bu yüzden de bu program ile araştırma yapma gereksinimi ortadan kalkacak ve böylece araştırma için harcanan zamandan tasarruf edilmiş olacak. Ayrıca bu program bizim kullandığımız gen sekansını kesen enzimler arasında hangisinin daha yaygın olarak bulunabileceği, hangisininin kullanılmasının daha verimli olacağı ve hangisinin daha az fiyata mal olacağı gibi bilgiler vereceği için de birden fazla restriksiyon enzim kullanımının ve gereksiz para harcamanın önüne geçmiş olacak.
Projemin konusuna tam olarak karar verdikten sonra yaptığım araştırmalar sonucunda herhangi bir FASTA formatında sekans girildiğinde bu sekansı kesebilecek restriksiyon enzimlerini ve bu enzimlerin kestiği bölgeleri gösteren "http://www.restrictionmapper.org/", "http://www.bioinformatics.org/sms2/rest_map.html" ve "https://www.addgene.org/" gibi sitelerin olduğunu gördüm ve bu sitelerdeki eksiklikleri giderebilecek bir program yazmamın daha iyi olabileceğine karar verdim. Bu kararım doğrultusunda da projemin içerik kısmını çok daha iyi oturtmuş oldum.
"Meriç Projesi" için neler yapmam gerekiyor ve şu an için nereleri yapmakta zorlanıyorum?
"Meriç Projesi" için nasıl bir kodlama oluşturacağım konusu kafamda tam olarak şekillenmeyen ve uzun süredir kafamı karıştıran bir durum. Uzun araştırmalarım sonucu restriksiyon enzimlerinin hepsinin listesini çıkarttım. Başlangıç olarak bu çıkartmış olduğum enzimlerin adlarının ve tanıma bölgelerinin yer aldığı "recognitionSite" adında bir dictionary'i Python'da oluşturmayı planlıyorum fakat bu oluşturduğum dictionary'de bu enzimlerin kestikleri bölgenin nasıl belirtilmesi gerektiği hakkında bir karara varamadım. Bunun nasıl yapılabileceği konusunda bir fikre sahip olduğumda diğer kısımların benim için daha rahat ilerleyebileceğini düşünüyorum çünkü sonrasında girilen FASTA formatındaki dizi üstünde restriksiyon enzimlerinin tanıma bölgelerini ve kestikleri bölgeleri bulan bir kod yazmanın benim için daha rahat olacağı kanaatindeyim.
Bu kısmı tamamladıktan sonra ise planladığım şey bütün restriksiyon enzimlerinin verimlilik bilgisi için "efficiency", yaygınlık bilgisi için "extensiveness" ve fiyat bilgisi için "cost" adında üç farklı dictionary oluşturmak ve önceden bu alanlarda yaptığım araştırma sonuçlarını buraya girmek. Bundan sonraki planım ise FASTA formatında bir dizinin girilmesi sonucunda bu diziyi tanıyan restriksiyon enzimlerinin tanıdıkları ve kestikleri bölgeyi göstermek. Sonrasında ise bu enzimlerin her birinin verimlilik, yaygınlık ve fiyat bilgilerinin gösterilmesini sağlayan bir kod yazmayı hedefliyorum. Bu bilgiler kullanılcıya sunulduktan sonra da kullanıcının bu bilgileri göz önünde bulundurarak kendisine sunulan restriksiyon enzimlerinin arasından seçim yapmasını ve seçilen enzimin hangi klonlama vektörlerini kesebileceği bilgisinin de kullanıcıya sunulabilmesini hedefliyorum. Fakat bunu nasıl gerçekleştirmeyi düşündüğümü bu hafta değil bir sonraki hafta anlatacağım.
O zaman haftaya görüşmek üzere;
Sevgiler.
M. Emre Sümer
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder