İlk Biyoinformatik Projem Devam

Merhabalar Herkese;

Geçen hafta sizlerle "Meriç" adlı projemin içeriğinden, projemin Python'daki kodlama kısmında yapmayı düşündüğüm şeylerden ve takıldığım noktalardan bahsetmiştim. Bu hafta da yine projemin Python'daki kodlama kısmında yapacaklarımdan bahsetmeye devam edeceğim. Sıkılmadan okumanızı temenni ediyorum.

Projemin Python'daki Kodlama Kısmı:

Geçen hafta sizlerle "Meriç Projesi" için Python'da nasıl bir kodlama oluşturmayı düşündüğümü paylaşmıştım ama yarım kalmıştı. Bu yüzden bu hafta projemin Python'daki kodlama kısmında yapmayı düşündüğüm ama bahsetmemiş olduğum şeylerden bahsedeceğim.

Geçen haftaki yazımda kullanıcının girdiği diziyi kesebilen restriksiyon enzimler verildikten sonra, kullanıcı kendisi için en uygun bulduğu restriksiyon enzimi seçebileceğinden bahsetmiştim. Sonrasında ise kullanıcının seçtiği enzimin kesebildiği plasmid vektörler kullanıcıya sunulacağını söylemiştim. Bunu sağlamak için de yine restriksiyon enzimler için oluşturulan kütüphaneye benzer bir kütüphane klonlama vektörleri için oluşturulacak. Kütüphane oluşturken Python'daki dictionary formatı kullanılacak, dictionary'nin item kısmına klonlama vektörünün ismi ve value kısmına da klonlama vektörünün dizisi yazılacak. Kullanıcının verimlilik, fiyat ve yaygın olarak bulunma bilgilerine göre seçmiş olduğu restriksiyon enziminin hangi plasmidleri kesebileceği bilgisine ulaşmak için de seçilen restriksiyon enziminin tanıma bölgesini taşıyan klonlama vektör dizileride Python'da oluşturulan bir kod ile bulunacak. Bunun için de enzimin tanıma bölgesi oluşturulan dictionary'deki value kısımlarında aranacak ve bu bölgeyi bulunduran value değerlerinin item karşılığı kullanıcıya sunulacak. Sonra yine restriksiyon enzimlerinde olduğu gibi klonlama vektörlerinin verimlilik, fiyat ve yaygınlık bilgilerini içeren dictionary'ler oluşturulacak ve  kullanıcıya sunulan uygun klonlama vektörlerinin bu bahsetmiş olduğum bilgileri de kullanıcıya sunulacak. 

Son olarak da kullanıcı bu sefer kendisine en uygun görünen klonlama vektörünü seçecek ve başlangıçta girmiş olduğu gen dizisi ile en son seçmiş olduğu klonlama vektörünün integre olmuş hali farklı görseller ile kullanıcıya sonuç olarak verilecek. 

Bu kısım tamamlandıktan sonra bu hafta Django adlı programlama dilini öğrendiğimiz için artık Python'da yazdığım kodları Django ile veritabanına aktarma kısmına geçmeyi planlıyorum. Haftaya da D3 programlama dilini öğrendikten sonrada elde edilen sonuçları farklı görsel öğeler ile kullanıcıya sunan bir program haline çevirmem ile projemi bitirmiş olacağım.

Haftaya stajım biteceği için projemi staj arkadaşlarımdan ve Ahmet Hoca'dan takıldığım noktalarda destek alarak dışardan yürütmeye çalışacağım. Her hafta da burda kendime bir not olsun ve gelişmeleri takip etmek isteyenlere bilgi olsun diye projem hakkımdaki paylaşımlara devam edeceğim.

Haftaya tekrardan görüşmek üzere;
Hoşçakalın.